十、将第十八条修改为：“加工贸易进口实行关税配额管理的农产品，海关凭企业提交的在‘贸易方式’栏目中注明‘加工贸易’的《农产品进口关税配额证》办理通关验放手续。
加工贸易企业未能按规定期限加工复出口的，应在到期后30天内办理加工贸易核销手续。海关按加工贸易的有关规定执行。”
十一、将第二十条修改为：“自境外进入保税监管场所、海关特殊监管区域的关税配额农产品由海关按现行规定验放并实施监管。
从保税监管场所、海关特殊监管区域出库或出区进口的关税配额农产品，海关凭《农产品进口关税配额证》按进口货物管理的有关规定办理进口手续。”
十二、将第二十二条修改为：“分配给最终用户的国营贸易农产品进口关税配额量，在当年8月15日前未签订合同的，最终用户可以委托有贸易权的任何企业进口；有贸易权的最终用户可以自行进口。”
十三、将第二十四条修改为：“农产品进口关税配额再分配量的申请期为每年9月1日至15日（凭合同先来先领分配方式除外）。申请者的申请需由委托机构分别转报并同时抄报商务部或发展改革委。
商务部、发展改革委于申请期前1个月，分别在商务部网站、发展改革委网站上公布农产品进口关税配额再分配量的申请条件。
食糖、羊毛、毛条由商务部公布。小麦、玉米、大米、棉花由发展改革委公布。”
十四、将第二十六条第一款修改为：“每年9月30日前，商务部将食糖、羊毛、毛条进口关税配额再分配量分配到最终用户（凭合同先来先领分配方式除外）；发展改革委会同商务部将小麦、玉米、大米、棉花关税配额再分配量分配到最终用户。”
十五、将第二十八条修改为：“对伪造、变造或者买卖《农产品进口关税配额证》的，依照有关法律对非法经营罪或者伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪的规定，依法追究刑事责任。持有关税配额的最终用户有上述行为的，商务部、发展改革委及委托机构两年内不再受理其进口农产品关税配额的申请。”
十六、将第三十一条修改为：“最终用户连续两年未能完成分配其全部农产品进口关税配额量进口，并在该两年内每年9月15日前将当年不能使用的关税配额量交还受委托的原发证机构的，其下年度分配的关税配额量将按其最近一年未完成的比例相应扣减。”
十七、将第三十四条修改为：“有关农产品进口关税配额分配和再分配的咨询需以书面形式向商务部、发展改革委或委托机构提出，商务部、发展改革委或委托机构将在10个工作日内作出答复。”