上级稽查局负责指导、监督、检查下级稽查局内部控制制度的建立健全和执行工作。
第八条 各级稽查局应当建立健全岗责体系，完善各项规章制度，加强党风廉政建设，使全体稽查人员牢固树立风险防控意识，规范执法，廉洁从税，自觉防范和有效应对税务稽查执法风险、行政管理风险和廉政风险。
第二章 内部控制风险识别
第九条 本制度所称税务稽查风险，是指各级稽查局及其所属稽查人员在案源管理、检查、审理、执行等税务稽查工作中，因故意或过失违反相关法律法规及税务稽查工作规定而产生的风险；以及在税务稽查综合管理事务中，因岗责分配不科学、授权审批不明晰、流程设置不严密、信息沟通不畅、部门协作不力、绩效考评不合理等产生的风险。
第十条 案源环节的主要风险点：
(一)税务稽查计划不严密，随意变更稽查对象；
(二)依法应立案处理的案源未进行立案处理；
(三)未按规定实施“双随机、一公开”；
(四)违规撤销案源或删除案件；
(五)对应下达稽查项目的案源，未下达稽查项目；
(六)按规定应督办的案件未及时督办；
(七)未按规定受理、处理检举事项。
第十一条 检查环节的主要风险点：
(一)未按法定程序进行检查；
(二)未按法定程序采取或解除税收保全措施；
(三)检查项目存在重大遗漏，《税务稽查项目书》所列疑点信息未能查实，或未能合理排除；
(四)证据不符合合法性、真实性、关联性要求；
(五)违规中止或终结检查。
第十二条 审理环节的主要风险点：
(一)未按规定提请审理重大税收违法案件；
(二)作出行政处罚决定之前未按规定履行法定告知义务、听取陈述申辩理由、受理和组织听证；
(三)未按规定移送涉嫌犯罪案件；
(四)作出的处理、处罚决定事实不清、证据不足、定性不准确、适用法律依据错误；
(五)行政处罚不符合行政处罚裁量基准；
(六)决定性文书不规范。
第十三条 执行环节的主要风险点：
(一)稽查案件执行不及时、不彻底；
(二)未依法采取税收保全、强制执行；
(三)未依法行使或者未按法定权限和程序行使代位权、撤销权、税收优先权；
(四)违规中止或终结执行。
第十四条 稽查综合管理环节的主要风险点：
(一)违反相关法律、法规和工作纪律规定，泄露国家秘密、商业秘密、个人隐私和工作秘密；
(二)公文传递不及时、处理不准确；
(三)各类报告、报表上报不及时，填写不完整，内容有误；
(四)未按规定管理案卷；
(五)未按规定公开或提请公开应公开的各类信息，或公开的信息有误；
(六)未按税收违法案件“一案双查”的规定转交线索和案件；
(七)未认真落实税收违法“黑名单”制度和联合惩戒制度。
第十五条 根据税务稽查风险事项可能导致后果的严重程度，将税务稽查风险分为高风险、中风险、低风险三个等级。
(一)高风险，是违反相关法律法规及税务稽查工作规定，造成涉税违法事实认定不清、据以定案的证据不足、适用法律错误、稽查程序违法、违反合法、合理行政等情况，可能导致复议机关决定或人民法院判决变更、撤销税务局或稽查局作出的税务处理决定或税务行政处罚决定，或确认稽查局的行政行为违法；稽查人员徇私舞弊、滥用职权、玩忽职守等渎职行为，可能导致国家税款或纳税人合法权益遭受损失，导致稽查人员被行政处分或承担刑事责任，影响稽查职能作用发挥；或可能严重影响稽查行政效率，导致不能完成稽查工作目标的风险。
(二)中风险，是违反相关法律法规及税务稽查工作规定，可能导致税务局或稽查局作出的税务处理决定、税务行政处罚决定或其他行政行为，被申请行政复议或被提起行政诉讼，但通过依法纠正，不会造成国家利益或纳税人合法权益遭受损失；或可能会影响稽查行政效率，但通过依法纠正，不会影响稽查工作目标实现的风险。
(三)低风险，是违反相关法律法规及税务稽查工作规定，可能会影响稽查行政秩序和行政效率，但不会影响稽查工作目标实现的风险。