主管出口退税的税务机关对复核比对时发现的下列异常情形，应分别进行处理：
一是启运数据中出口货物的数量、单位、总价等项目与结关数据不一致的，主管出口退税的税务机关应按照结关数据对相应的已退（免）税款进行调整或追回处理。
二是对于已办理启运港退（免）税的出口货物，如涉及撤销数据的，主管出口退税的税务机关应根据规定调整或追回相应的已退（免）税款。
三是除因不可抗力等规定情形外，自启运日起超过2个月，未收到相关结关数据（以下简称“到期未结关数据”）的，主管出口退税的税务机关应按规定追回已退（免）税款，出口企业的该笔出口业务不再适用启运港退（免）税政策。
（六）出口企业自启运日起超过2个月未办理结关核销手续或未申报启运港退（免）税的，应当如何处理
出口企业自启运日起超过2个月未办理结关核销手续或未申报启运港退（免）税的，出口企业的该笔出口业务不再适用启运港退（免）税政策。出口企业应改为使用正常结关核销的出口货物报关单电子信息及相关材料，按照规定申报办理出口退（免）税。
但对于因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素，预计2个月内无法办理结关核销手续的，做了例外规定。即自启运日起2个月内向主管出口退税的税务机关提出申请，经主管出口退税的税务机关同意后，暂不追回已退（免）税款。主管出口退税的税务机关如在启运日次年的退（免）税申报期限截止日前，仍未收到上述货物对应的结关数据（以下简称“次年未结关数据”）的，则应根据现行规定追回已退（免）税款。出口企业的该笔出口业务不再适用启运港退（免）税政策。
（七）关于调整或追回已退（免）税款的启运港出口货物的后续处理
对于已调整或追回退（免）税款的到期未结关数据和次年未结关数据，如果后续又办理了结关核销手续的，出口企业可凭正常结关数据及相关材料重新申报出口退（免）税，主管出口退税的税务机关依据税务总局清分的结关数据按照现行规定审核办理退（免）税。
对于货物未运抵离境港不再出口，海关撤销出口货物报关单的，出口企业应按照现行规定向主管出口退税的税务机关申请出具《出口货物退运已补税（未退税）证明》，主管出口退税的税务机关在出具证明时，应使用撤销数据进行审核比对。出口企业尚未申报退（免）税的，不得再申报退（免）税；已申报办理退（免）税的，应补缴已退（免）税款。
（八）启运港出口货物报关单无纸化后的申报要求
鉴于2018年4月10日以后海关对实施启运港政策出口的货物，不再签发纸质报关单。因此，出口企业2018年4月10日（以海关出口报关单电子信息注明的出口日期为准）以后的启运港出口货物，在申报启运港退（免）税时，无需提供纸质报关单。
三、《公告》施行日期
《公告》自2019年1月1日起施行。启运港出口货物报关单电子信息上注明的出口日期为2019年1月1日以后（含）的启运港退（免）税事项按本办法执行。