（三）风险应对阶段
1.案头审计
各省国、地税联合工作团队根据税务总局推送的工作任务及下发的存在税收风险的股权转让信息，开展案头审计并补充收集相关信息。联合工作团队在案头审计过程中，应重点审核：税务总局下发的工商登记信息与税务登记信息是否一致，转让方是否已在当年将股权转让所得计入企业所得税应纳税所得额或代扣代缴个人所得税，被转让股权所选用的资产评估方法是否合理，股权转让价格是否公允，是否存在低价转让、平价转让的情况。对股权转让计价不合理不公允的，引导企业进行自我整改，补缴入库。对拒绝进行整改，或自我整改不到位仍不能消除风险的，启动现场审计。
2.现场审计
现场审计重点关注以下问题：
（1）营业税及附加。企业转让上市公司的股权，需要按转让金融商品缴纳营业税及附加。
（2）企业所得税。关注股权是否转让给关联方、是否涉及非居民企业、是否涉及核定征收企业，关注转让价格的公允性、是否存在补充协议，关注股权转让收入除货币资金以外是否存在实物等其他形式的经济利益流入, 审核企业股权转让涉及的成本、费用扣除是否合规, 审核股权转让所得的确认和计算是否准确, 审核特殊性重组政策适用的合规性，审核股权转让所得是否一次性确认收入，关注股权转让损失是否进行清单申报。
（3）个人所得税。关注个人股东投资的计税成本，有无补充协议，是否履行代扣代缴个人所得税义务等。
（4）印花税。关注企业是否对股权收购合同正确计算印花税并贴花或汇缴。
（5）土地增值税。以转让土地使用权、地上建筑物及附着物为目的的股权转让，应缴纳土地增值税。关注并审核被转让企业固定资产和无形资产科目，以确定其企业的资产表现形式，以及其转让的目的，从而判断该转让是否以土地使用权、房产的转让为主要目的。
（四）反馈提高阶段
各省级局汇总填写《股权转让专项工作完成情况表》，逐户整理信息收集、风险评估和税务审计阶段的工作底稿、约谈记录以及其他资料，形成股权转让税收风险管理案卷并归档；系统分析税收风险形成原因，提出完善股权转让税收风险防控建议，全面总结股权转让税收风险管理工作，形成专题报告。