该项支出分配采取项目法，通过事后补助的方式，按每次公路灾损灾情类别分批次给予补助。一类灾情（灾情特别严重）不超过1000万元；二类灾情（灾情严重）不超过800万元；三类灾情（灾情较重）不超过600万元；四类灾情（灾情一般）不超过400万元。对已使用中央财政其他补助资金的项目，原则上不再安排。
公路灾损灾情类别，由交通运输部根据省级交通运输主管部门抢通资金申请报告，结合国家减灾委、国家防总、民政部、国家气象局、中国地震局、交通运输部路网中心等部门（单位）提供的灾情信息综合研究确定。必要时，交通运输部可采取抽样核查等办法对公路灾损情况进行核实。
第十条 农村老旧渡船报废更新项目支出，是指鼓励船龄达到或超过15年且仍在运营的农村渡口旅客渡运船舶（不包括客滚船和车客渡船）更新给予的奖励支出。奖励对象为2012年1月1日至2015年12月31日完成农村老旧渡船拆解并更新的船舶所有人。
该项支出分配采取据实结算的方式，具体补助标准：东部地区、中部地区、西部地区（西藏除外）分别为新造农村渡船造价的50%、60%、70%，单船奖励资金原则上不超过15万元。对西藏自治区给予新造农村渡船全额补助。
第十一条 交通运输节能减排项目支出，是指按国务院规定用于加快推进绿色循环低碳交通运输发展，推广应用节能减排产品和技术，提升行业节能减排监管和服务能力，促进实现国家和行业确定的公路水路节能减排目标等发生的支出。
该项支出分配通过“以奖代补”方式，由交通运输部根据项目性质、节能减排投资额、年节能减排量以及产生的社会效益等综合测算确定奖励额度。节能减排量和节能减排投资额应经第三方机构审核。对节能减排量可以量化的项目，奖励资金原则上与节能减排量挂钩，根据年节能量按每吨标准煤不超过600元或根据年替代燃料量按被替代燃料每吨标准油不超过2000元给予奖励；对于节能减排量难以量化的项目，按节能减排投资额的一定比例核定奖励额度，奖励比例原则上不超过设备购置费或建筑安装费的20%。