1.企业所得税方面
《国家税务总局关于发布修订后的<企业所得税优惠政策事项办理办法>的公告》（国家税务总局公告2018年第23号）明确企业享受优惠事项采取“自行判别、申报享受、相关资料留存备查”的办理方式，不再要求企业办理备案手续。《公告》据此对公司制创投企业和合伙创投企业法人合伙人享受优惠的办理手续进行了调整，明确按照国家税务总局公告2018年第23号的规定办理相关手续。此外，为进一步简政放权，减轻纳税人负担，《公告》不再要求合伙创投企业向税务机关报送《合伙创投企业法人合伙人所得分配情况明细表》，改由合伙创投企业直接提供给法人合伙人留存备查。
2.个人所得税方面
（1）备案程序
①合伙创投企业个人合伙人备案。合伙创投企业个人合伙人的备案环节的相关手续，主要由合伙创投企业办理，个人无须另行办理备案手续。合伙创投企业在投资初创科技型企业满2年的年度终了3个月内，向主管税务机关报送《合伙创投企业个人所得税投资抵扣备案表》，其他资料留存备查。留存备查资料同公司制创投企业和合伙创投企业法人合伙人，包括发展改革或证监部门出具的符合创业投资企业条件的年度证明材料，初创科技型企业接受现金投资时的投资合同（协议）、章程、实际出资的相关证明材料，创业投资企业与其关联方持有初创科技型企业的股权比例的说明，被投资企业符合初创科技型企业条件的有关资料等。
②天使投资个人备案。与合伙创投企业个人合伙人不同，天使投资个人需要与初创科技型企业共同在投资初创科技型企业满24个月的次月15日内，向初创科技型企业的主管税务机关办理备案，报送《天使投资个人所得税投资抵扣备案表》。被投资企业符合初创科技型企业条件的有关资料留存企业备查，备查资料包括初创科技型企业接受现金投资时的投资合同（协议）、章程、实际出资的相关证明材料，以及被投资企业符合初创科技型企业条件的有关资料。
（2）个人享受投资抵扣政策的操作办法
①合伙创投企业个人合伙人的申报抵扣
一是合伙创投企业按年报送投资抵扣情况。合伙创投企业应在投资初创科技型企业满2年后的每个年度终了3个月内，向合伙创投企业主管税务机关报送《合伙创投企业个人所得税投资抵扣情况表》。二是个人合伙人办理年度纳税申报时扣除。合伙创投企业个人合伙人只需正常办理年度纳税申报即可享受投资抵扣。填写申报表时，需要将当年允许抵扣的投资额，填至年度申报表《个人所得税生产经营所得纳税申报表（Ｂ表）》的“允许扣除的其他费用”栏。
②天使投资个人的申报抵扣
一是转让未上市的初创科技型企业股权。天使投资个人可以在股权转让次月15日内办理投资抵扣。具体需要向主管税务机关报送《天使投资个人所得税投资抵扣情况表》和投资初创科技型企业后税务机关受理的《天使投资个人所得税投资抵扣备案表》。
二是转让投资后初创科技型企业在上交所、深交所上市的公司股票。天使投资个人在转让上市公司限售股税款清算时，办理投资抵扣。
（3）天使投资个人投资的初创科技型企业注销清算的税务处理
天使投资个人投资的初创科技型企业注销清算的，其尚未抵扣完毕的投资额，可以在36个月内转让其他符合投资抵扣条件的初创科技型企业股权时进行抵扣。具体分两步进行：
①初创科技型企业注销清算时，天使投资个人应持前期投资抵扣备案的《天使投资个人所得税投资抵扣备案表》，及时到原初创科技型企业主管税务机关办理情况登记。
②转让其他初创科技型企业股权投资抵扣时，持税务机关登记后的已注销清算企业的《天使投资个人所得税投资抵扣备案表》和前期办理投资抵扣时税务机关受理的《天使投资个人所得税投资抵扣情况表》办理投资抵扣手续。
（三）其他管理要求
一是明确转请机制。《公告》明确了税务机关在创业投资企业和合伙创投企业合伙人享受优惠政策后续管理中，对初创科技型企业是否符合规定条件有异议的，可以转请相应主管税务机关提供相关资料，主管税务机关应积极配合。
二是明确骗取抵扣的罚则。创业投资企业、合伙创投企业合伙人、天使投资个人、初创科技型企业提供虚假情况、故意隐瞒已投资抵扣情况或采取其他手段骗取投资抵扣，不缴或者少缴应纳税款的，按税收征管法有关规定处理。