十、主管税务机关应当就税务总局对其结案申请形成的审核意见，分别以下情况进行处理：
（一） 对同意结案申请不予调整方案的，向被调查企业下发《特别纳税调查结论通知书》；
（二） 对同意结案申请初步调整方案的，向被调查企业下发《特别纳税调查初步调整通知书》；
（三）对不同意结案申请处理意见的，按照税务总局的意见修改后再次层报审核。
被调查企业在收到《特别纳税调查初步调整通知书》之日起7日内未提出异议的，主管税务机关应下发《特别纳税调查调整通知书》。
被调查企业在收到《特别纳税调查初步调整通知书》之日起7日内提出异议，主管税务机关经审议后不予采纳的，应下发《特别纳税调查调整通知书》；主管税务机关经审议后认为确需对调整方案进行修改的，应将修改后的调整方案层报省税务机关复核同意后，报税务总局再次申请结案。
十一、主管税务机关应及时跟踪税款、利息、滞纳金入库情况。对于扣缴义务人或者股权转让方按照《公告》规定扣缴或者缴纳的税款，以及经立结案调整的税款，在税款入库后30日内，通过特别纳税调整案件管理系统层报税务总局，并将相关税款入库信息填入《非居民企业税收收入情况统计表》。
十二、主管税务机关应在调查调整工作结束后，将工作过程中形成的文书、工作底稿、证据等材料，按相关规定集中归档。税务机关内部需要调阅的，应严格执行档案转出、接收和调阅手续。
各级税务机关在调查调整工作中获取的信息资料和调查调整情况应按有关规定履行保密义务。
十三、主管税务机关应根据税务总局结案申请审核意见，分析各案件的具体情况，总结案件的风险点以及应对措施，形成具体案例材料，通过可控FTP“CENTER/国际税务司/非居民税收管理处/间接转让财产案例”文件夹，层报税务总局（国际税务司）。
十四、对于《公告》实施前未办结案件，包括已上报税务总局，但未形成处理意见的案件，按照本规程规定的立结案流程进行处理。
十五、本规程自印发之日起执行。