总机构汇总的年度应纳税额，为总机构年度内各季度汇总应纳税额的合计数。
第十三条 年度终了后40个工作日内，总机构主管税务机关应将《——年度航空运输企业年度清算表》逐级报送国家税务总局。
第十四条 分支机构年度清算的应纳税额小于分支机构已预缴税额，且差额较大的，由国家税务总局通知分支机构所在地的省税务机关，在一定时期内暂停分支机构预缴增值税。
分支机构年度清算的应纳税额大于分支机构已预缴税额，差额部分由国家税务总局通知分支机构所在地的省税务机关，在分支机构预缴增值税时一并补缴入库。
第十五条 总机构及其分支机构，一律由主管税务机关认定为增值税一般纳税人。
第十六条 总机构应当在开具增值税专用发票(含货物运输业增值税专用发票)的次月申报期结束前向主管税务机关报税。
总机构及其分支机构取得的增值税扣税凭证，应当按照有关规定到主管税务机关办理认证或者申请稽核比对。
总机构汇总的进项税额，应当在季度终了后的第一个申报期内申报抵扣。
第十七条 主管税务机关应定期或不定期对分支机构纳税情况进行检查。
分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务申报不实的，就地按适用税率全额补征增值税。主管税务机关应将检查情况及结果发函通知总机构主管税务机关。
第十八条 总机构及其分支机构的其他增值税涉税事项，按照现行增值税有关政策执行。
附件：
1.航空运输企业分支机构传递单
2.——年度航空运输企业年度清算表
总局解读——国家税务总局公告2013年第68号:关于《航空运输企业增值税征收管理暂行办法的公告》的解读
政策解读——总分机构试点纳税人如何计算增值税？<邢国平 杨广水>
之前政策——财政部国家税务总局关于印发<总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法>的通知（财税[2012]84号）[全文废止]