三、主管税务机关受理纳税人申请后，应认真审核以下信息：
（一）审核纳税人交易是否真实发生，所报资料是否齐全，增值税扣税凭证未按期申报抵扣的原因是否属于客观原因，纳税人说明、第三方证明或说明所述事项是否具有逻辑性等。
（二）纳税人申请抵扣的增值税扣税凭证稽核比对结果是否相符；
（三）《已认证增值税扣税凭证清单》与增值税扣税凭证应申报抵扣当月增值税纳税申报资料、认证稽核资料是否满足以下逻辑关系：
1.《已认证增值税扣税凭证清单》“抵扣情况”中“已抵扣凭证信息”“小计”栏中的“份数”应等于当月增值税纳税申报表附列资料（表二）中同类型增值税扣税凭证的“份数”；“抵扣情况”中“已抵扣凭证信息”“小计”栏中的 “税额”应等于当月增值税纳税申报表附列资料（表二）中同类型增值税扣税凭证的“税额”；
2.对增值税一般纳税人（不包括实行纳税辅导期管理的增值税一般纳税人），《已认证增值税扣税凭证清单》“总计”栏中“份数”“税额”应小于等于认证或申请稽核比对当月认证相符或采集上报的同类型增值税扣税凭证的份数、税额合计。
3.实行纳税辅导期管理的增值税一般纳税人以及实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人，《已认证增值税扣税凭证清单》“总计”栏中“份数”“税额”应小于等于产生稽核结果当月稽核相符的同类型增值税扣税凭证的份数、税额合计。
四、主管税务机关审核无误后，发送《未按期申报抵扣增值税扣税凭证允许继续抵扣通知单》（以下简称《通知单》），企业凭《通知单》进行申报抵扣。
五、主管税务机关可定期或者不定期对已办理未按期申报抵扣增值税扣税凭证抵扣手续的纳税人进行复查，发现纳税人提供虚假信息，存在弄虚作假行为的，应责令纳税人将已抵扣进项税额转出，并按《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定进行处罚。
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附表：
1.未按期申报抵扣增值税扣税凭证抵扣申请单?
2.已认证增值税扣税凭证清单?
3.未按期申报抵扣增值税扣税凭证允许继续抵扣通知单
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早前公告——
国家税务总局公告2011年第49号 国家税务总局关于废止逾期增值税扣税凭证一律不得抵扣规定的公告
国家税务总局公告2011年第50号 国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告