第十五条 有下列情形之一的，受托方应当按照《税务稽查工作规程》有关规定立案检查：
（一）委托方已开具《已证实虚开通知单》的；
（二）委托方提供的证据资料证明协查对象有税收违法嫌疑的；
（三）受托方检查发现协查对象有税收违法嫌疑的；
（四）上级税务局稽查局要求立案检查的；
第十六条 国家税务总局督办的案件，受托方在回函期限前不能完成检查工作的，可以逐级上报国家税务总局申请延期，在得到国家税务总局同意后，在延期期限内给予回复。
申请延期应当说明延期理由、延期期限以及与委托方沟通的情况。
第十七条 受托方需要取得协查对象的税务登记、变更、注销、失控或者查无企业、发票领用、发票鉴定、纳税申报、抵扣税款、免税、出口退税等征管资料和证明材料的，应当向其县（区）级主管税务机关提出要求。县（区）级主管税务机关应当在5个工作日内提供相关资料并出具相应的证明材料。
第十八条 受托方应当依据调查取证所掌握的情况及所获取的证据材料，向委托方出具《税收违法案件协查回复函》。
《税收违法案件协查回复函》的内容包括：
（一）协查来源；
（二）涉案企业的基本情况及协查发票记载的信息；
（三）协查取证要求的说明；
（四）协查结论或者协查结果；
（五）税务处理和税务行政处罚事项；
（六）其他应予说明的事项。
第十九条 受托方应当对取得的证据材料，连同相关文书一并作为协查案卷立卷存档；同时根据委托方协查函委托的事项，将相关证据材料及文书复制，注明“与原件核对无误”，注明原件存放处，并加盖本单位印章后一并寄送委托方。
受托方通过协查信息管理系统收到的协查函，应当通过协查信息管理系统进行函复。经检查有问题的以及委托方要求寄送取证材料的，应当在回复协查结果后5个工作日内将相关证据材料及文书复制，注明“与原件核对无误”，注明原件存放处，并加盖本单位印章后一并寄送委托方。
第二十条 受托方应当在收到协查函后60日内回函。
通过协查信息管理系统发出的协查函,受托方应当在收到协查函后30日内回函。
国家税务总局对协查回函期限有特殊要求的，应当按照相关要求办理。
第二十一条 受托方应当登记《受托协查台账》，及时掌握协查工作安排、回复、处理情况。
《受托协查台账》包括以下内容：
（一）函件收到日期，来人协查日期；
（二）函件名称、编号或者文号、是否督办；
（三）涉及企业名称、资料种类、数量；
（四）是否立案；
（五）负责检查的人员；
（六）协查复函情况、复函日期；
（七）案卷号和归档地；
（八）其他。
第四章 协查管理
第二十二条 地市级以上税务局稽查局应当定期对本辖区协查台账进行统计汇总，全面掌握本辖区协查情况，督促指导下级协查工作。
第二十三条 上级税务局稽查局对下级税务局稽查局的协查质量和效率进行考核，包括受托方按期回复情况、委托方选票针对性、协查函和回复函的信息完整性等。
第二十四条 稽查机构设置发生撤销、合并、增设的，应当及时向上一级税务局稽查局提出与本稽查机构对应的协查信息管理系统节点的变更申请，并逐级上报国家税务总局备案。
第二十五条 税务违法案件发票协查资料按照《税务稽查工作规程》的规定归档。
第五章 附 则
第二十六条 本办法适用于各级税务机关。
第二十七条 各级税务局可以依据本办法对辖区内税务违法案件发票协查工作制定考核制度和奖惩实施办法。
第二十八条 本办法所称以上、日内，包括本数(级)。