五、科学合理制定和调整农民医疗费用补偿方案
随着试点数量的增加和政府补助水平的提高，各地要在分析、总结合作医疗制度和基金运行情况的基础上，认真测算，科学制定和调整农民医疗费用补偿方案。方案的制定和调整要掌握以下原则：一是要在建立风险基金的基础上，坚持做到合作医疗基金收支平衡，略有结余；二是新增中央和地方财政补助资金应主要用于大病统筹基金，也可适当用于小额医疗费用补助，提高合作医疗的补助水平；三是补偿方案要统筹兼顾，邻县之间差别不宜过大；四是补偿方案的调整应从新的年度实行，以保持政策的连续性和稳定性。
六、加强合作医疗管理能力建设
各试点县（市、区）要加强经办机构建设和管理。要按规定解决合作医疗经办机构的编制，同时要支持保险公司参与合作医疗业务服务的试点。要按照新型农村合作医疗试点的基本原则和政策要求，明确政府相关部门、经办机构（保险公司）及定点医疗机构的权利、义务，保障参合农民的合法权益，为农民提供方便、良好的服务。要继续加强合作医疗管理人员和经办人员的政策、业务培训，提高合作医疗管理能力。要加快合作医疗信息化建设，逐步实现网上审核报销、监管和信息传输，加强规范管理。试点县（市、区）财政部门要将经办机构人员和工作经费列入年度预算，予以保证，不得从合作医疗基金中提取。地方各级人民政府要对新增试点县（市、区）适当提供启动经费。中央财政将通过专项转移支付对中西部地区的试点工作予以支持。
七、进一步解决好贫困农民的看病就医问题
要建立和完善农村医疗救助制度，做好与新型农村合作医疗制度的衔接。加大各级政府对医疗救助资金的支持，充分发挥民政部门的主导作用，动员红十字会、基金会等社团组织、慈善机构和各类企事业单位等社会力量，多渠道筹集资金。进一步完善相关政策措施，明确救助范围，提高救助水平，重点解决好农村五保户和贫困家庭的问题。在帮助救助对象参加合作医疗的同时，对个人负担医疗费用过重、难以承担的部分，应给予适当补助。针对农村贫困人口家庭收入低、生活困难大的实际，在新型农村合作医疗试点工作中对农村救助对象应给予更多的政策优惠。通过新型农村合作医疗与医疗救助的协调互补，共同解决贫困农民看病就医难的突出问题。
八、加强农村医疗服务监管
各级卫生行政部门要加强对医疗机构服务行为和费用的监管，采取有效措施遏制农村医药费用不合理增长，减轻农民医药费用负担。要建立合作医疗定点医疗机构的准入和退出制度，引入竞争机制；制定合作医疗基本药品和诊疗目录，严格规定目录外药品和诊疗费用占总医药费用的比例，并实行病人审核签字制；严格控制定点医疗机构平均住院费用、平均门诊费用的上涨幅度，控制定点医疗机构收入中药品收入所占的比例。要加强对乡镇卫生院的监管，维护公立卫生院的公益性质。要重视和加强中医药和民族医药的应用，应将符合条件的中医医疗机构列入定点医疗机构范围，将适宜的中药和中医药诊疗项目列入合作医疗基本药品和诊疗目录，满足农民对中医药和民族医药的需求。价格主管部门要会同卫生行政部门探索建立符合实际的农村医疗服务项目规范和医药价格标准。
九、继续加强农村药品监督和供应网络建设
要继续加强农村药品监督网络建设，促进农村药品供应网络建设，充分利用现有网络和人员，建立适合农村实际的药品供销体系和监督体系，规范药品供销渠道，加强质量监管，严厉打击非法药品经营活动。逐步推进农村医疗卫生机构药品集中采购或跟标采购；也可由县级医疗机构或乡镇卫生院为村卫生室代购药品；鼓励药品连锁企业向农村延伸，对农村基层医疗机构实行集中配送。通过建立多种形式的农村药品供应渠道，保证农民用药安全、有效、经济。
十、加快推进农村卫生服务体系建设
要加强农村医疗卫生基础设施建设，健全县、乡、村三级农村医疗卫生服务体系和网络。把农村卫生服务体系建设纳入“十一五”规划，以加强县、乡医疗卫生机构能力建设为重点，并对中西部贫困地区传染病、地方病重疫区的村卫生室建设给予适当支持。各级政府要集中力量在每个乡镇办好一所公立卫生院，并由县级政府统一管理。有条件的地方，可根据实际情况，通过整合现有卫生资源，建立农村社区卫生服务机构，更好地承担农村疾病预防控制、基本医疗、健康教育等公共卫生工作。各地要结合乡镇机构改革，明确乡、村级公共卫生工作职责并落实到位。各级政府要按照明确职责合理负担的原则，建立和完善农村卫生经费保障机制。