第十条 主管退税税务机关应建立研发机构采购国产设备退税情况台账，并根据需要进行实地调查。
第十一条 研发机构已退税的国产设备，由主管退税税务机关进行监管，监管期为5年。监管期的起始时间以增值税专用发票开具日期为准。监管期内发生设备所有权转移行为或移作他用等行为的，研发机构必须按以下计算公式，向主管退税税务机关补缴已退税款。
应补税款=增值税专用发票上注明的金额×（设备折余价值÷设备原值）×适用增值税税率
设备折余价值=设备原值-累计已提折旧
设备原值和已提折旧按所得税法规定的办法计算。
第十二条 研发机构以假冒采购国产设备退税资格、既申报抵扣又申报退税、虚构采购国产设备业务、提供虚假退税申报资料等手段骗取国产设备退税款的，按照有关法律、法规处理。
第十三条 本办法施行期限为2011年1月1日至2015年12月31日。在此期间开具的增值税专用发票的退税管理适用本办法。
第十四条 对本办法下发前，研发机构已取得的增值税专用发票，准予在2012年4月30日前申报退税，主管退税税务机关按本办法第七条的规定，办理退税；研发机构已取得的纳入增值税防伪税控系统的增值税普通发票，准予在2012年4月30日前申报退税，主管退税税务机关在函调确认增值税普通发票真实、发票所列设备已按照规定申报纳税后，办理退税。
对按照《商务部 财政部 海关总署 税务总局关于外资研发中心采购设备免/退税资格审核办法的通知》（商资发[2010]93号）规定已认定的外资研发中心，其采购的国产设备适用本办法，不需重新认定。