第十一条 地方各级财政、水利部门应当加强农田水利设施资产管理，健全完善基层水利服务体系，积极推进小型农田水利设施产权制度改革，明确小型农田水利设施的所有权，落实管护责任主体。
第十二条 中央农田水利建设资金安排的农田水利建设项目建成后，省、县（市、区）应当及时组织工程验收。验收不合格的，必须限期整改。验收完成后，各省财政、水利部门要及时将项目验收情况及工作总结报财政部、水利部。
第十三条 中央农田水利建设资金专款专用，任何部门和单位不得以任何理由挤占挪用。各级财政、水利部门应当加强对中央农田水利建设资金和项目的跟踪指导和监督检查，加强绩效管理，开展绩效评价，确保资金安全、规范、有效使用。
第十四条 中央农田水利建设资金使用单位应当严格遵守有关财务管理制度，严格执行国家及水利行业的有关技术标准、规范和规程，严格按照批准的实施方案组织实施。确需变更项目的建设地点或规模的，应报省财政、水利部门批准同意。
第十五条 地方各级财政、水利部门在汇总编制本地区从土地出让收益中计提的农田水利建设资金收支决算时，应当单独反映中央农田水利建设资金收支情况，并做专门说明。
第十六条 中央农田水利建设资金使用单位，应当自觉接受各级财政部门、水利部门、审计机关的监督检查，及时提供相关资料。对中央农田水利建设资金使用管理过程中发生的财政违法行为，依照《财政违法行为处罚处分条例》等有关规定处理。
第十七条 各省财政、水利部门根据实际需要，制定实施细则，并报财政部、水利部备案。
第十八条 本办法由财政部会同水利部负责解释。
第十九条 本办法自印发之日起施行。