九、企业必须对研究开发费用实行专账管理，同时必须按照本通知附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。企业在一个纳税年度内进行多个研究开发活动的，应按照不同研发项目分别归集可加计扣除的研究开发费用额。
十、企业应于年度终了办理企业所得税汇算清缴申报时向主管税务机关报送本通知规定的各项资料。企业可以聘请具有资质的会计师事务所或税务师事务所，出具年度可加计扣除研究开发费用专项审计报告或鉴证报告。
企业申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研究开发费用加计扣除，主管税务机关有权对企业申报的结果进行合理调整。主管税务机关对企业申报的研究开发项目有异议的，可要求企业提供省级科技部门出具的研究开发项目鉴定意见书。
十一、企业申请研究开发费用加计扣除时，应向主管税务机关报送如下资料：
（一）自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算。
（二）自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单。
（三）《研发项目可加计扣除研究开发费用情况归集表》（附件1）、《企业年度研究开发费用汇总表》（附件2）。
（四）企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件。
（五）委托、合作研究开发项目的合同或协议。
（六）主管税务机关要求提供科技部门鉴定意见的，应提供省级科技部门出具的《企业研究开发项目鉴定意见书》（附件3）。
（七）研究开发项目的效用情况说明、研究成果报告等资料。
十二、企业实际发生的研究开发费用，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了进行所得税年度申报和汇算清缴时，再依照本通知的规定实行加计扣除。
十三、企业研究开发费用各项目的实际发生额归集不准确、汇总额计算不准确的，主管税务机关有权调整其税前扣除额或加计扣除额。
十四、企业集团根据生产经营和科技开发的实际情况，对技术要求高、投资数额大，需要由集团公司进行集中开发的研究开发项目，其实际发生的研究开发费用，可以按照合理的分摊方法在受益集团成员公司间进行分摊。
十五、企业集团采取合理分摊研究开发费用的，企业集团应提供集中研究开发项目的协议或合同，该协议或合同应明确规定参与各方在该研究开发项目中的权利和义务、费用分摊方法等内容。如不提供协议或合同，研究开发费用不得加计扣除。
十六、企业集团采取合理分摊研究开发费用的，企业集团集中研究开发项目实际发生的研究开发费，应当按照权利和义务相一致、费用支出和收益分享相配比的原则，合理确定研究开发费用的分摊方法。
十七、企业集团采取合理分摊研究开发费用的，企业集团母公司负责编制集中研究开发项目的立项书、研究开发费用预算表、决算表和决算分摊表。
十八、税企双方对企业集团集中研究开发费用的分摊方法和金额有争议的，如有关企业集团成员公司分别设在不同省、自治区、直辖市、计划单列市的，企业按照国家税务总局的裁决意见扣除实际分摊的研究开发费用；有关企业集团成员公司均设在统一省、直辖市的，企业按照其所在省、直辖市税务机关的裁决意见扣除实际分摊的研究开发费。
十九、本通知自2012年1月1日起至2014年12月31日止执行。
相关政策——
财税[2013]14号 关于中关村、东湖、张江国家自主创新示范区和合芜蚌自主创新综合试验区有关职工教育经费税前扣除试点政策的通知
财税[2013]15号 关于中关村、东湖、张江国家自主创新示范区和合芜蚌自主创新综合试验区有关股权奖励个人所得税试点政策的通知