第十条 总机构的增值税纳税期限为一个季度。
第十一条 总机构应当依据《航空运输企业试点地区分支机构传递单》和《航空运输企业非试点地区分支机构传递单》，计算当期发生《应税服务范围注释》所列业务的增值税应纳税额，抵减分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务当期已缴纳的增值税和营业税税款后，向其主管税务机关申报纳税。抵减不完的，可以结转下期继续抵减。计算公式为：
总机构当期应纳税额＝当期汇总销项税额－当期汇总进项税额
总机构当期应补（退）税额＝总机构当期应纳税额－当期试点地区分支机构已缴纳的增值税税额－当期非试点地区分支机构已缴纳的营业税税额
第十二条 总机构及其分支机构，一律由机构所在地主管国税机关认定为增值税一般纳税人。
第十三条 总机构应当在开具增值税专用发票的次月申报期结束前向主管税务机关报税。
总机构及其分支机构取得的增值税扣税凭证，应当按照有关规定到主管国税机关办理认证或者申请稽核比对。
总机构汇总的进项税额，应当在季度终了后的第一个申报期内申报抵扣。
第十四条 分支机构所在地主管税务机关应定期对其纳税情况进行检查。
试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务申报不实的，就地按适用税率全额补征增值税；非试点分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务申报不实的，按照现行规定补征营业税。主管税务机关应将检查情况及结果发函通知总机构所在地主管国税机关。
第十五条 总机构及其分支机构的其他增值税涉税事项，按照《试点实施办法》及现行增值税有关政策执行。
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1.航空运输企业试点地区分支机构传递单
2.航空运输企业非试点地区分支机构传递单
关于《发布〈营业税改征增值税试点期间航空运输企业增值税征收管理暂行办法〉的公告》的解读
2013年02月20日 国家税务总局办公厅
一、制定《办法》的背景
《财政部、国家税务总局关于中国东方航空公司执行总机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法的通知》（财税[2011]132号），明确了上海营改增试点期间中国东方航空有限责任公司总机构缴纳增值税问题。营改增扩大地区试点后，航空运输试点企业的范围进一步扩大，航空运输企业总支机构如何缴纳增值税问题也需要进一步明确。关于航空运输企业纳税问题拟通过三个文件予以明确：
一是《总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》，作为普遍适用的政策规定，以财税字文件下发；
二是《关于部分航空公司执行总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法的通知》，主要明确航空运输企业总分机构名单和预征率问题，以财税字文件下发；
三是《营业税改征增值税试点期间航空运输企业增值税征收管理暂行办法》，主要明确税收征管方面的问题，以总局公告的形式下发。
二、《办法》的适用范围
本《办法》适用于经财政部和国家税务总局批准，按照《总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》计算缴纳增值税的航空运输企业。
三、《办法》的主要内容
除了对航空运输企业增值税计算缴纳问题进行细化之外，《办法》主要明确了总分机构一般纳税人认定、分支机构税款缴纳情况如何传递、总分机构纳税期限、风险防控等具体税收征管问题。
《总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》（财税[2012]84号）[全文废止]