2．进一步加强汇算清缴工作
各地要切实做好企业所得税汇算清缴申报审核工作，提高年度申报质量，及时结清税款。汇算清缴结束后，要认真开展纳税评估。对连续三年以上亏损、长期微利微亏、跳跃性盈亏、减免税期满后由盈转亏或应纳税所得额异常变动等情况的企业，要作为评估的重点。要针对汇算清缴发现的问题和税源变化，加强日常监控和检查，堵塞征管漏洞。
3．加强汇总纳税企业征管
各地要按照《国家税务总局关于推广应用汇总纳税信息管理系统有关问题的通知》（国税函[2009]141号）的要求，认真做好各项准备工作，确保2009年7月1日在全国推行。要积极应用该系统提供的信息，加强汇总纳税企业的监管。要研究明确二级分支机构的判定标准，加强对挂靠性质非法人分支机构的管理。研究完善分支机构所在地主管税务机关对分支机构的监管措施，充分发挥主管税务机关的监管作用。要按照规定做好汇总纳税企业税款分配、财产损失列支等监督管理工作，税务总局下半年将组织开展汇总纳税企业的交叉检查，防止汇总纳税企业税款应分未分、少分以及漏征漏管等问题发生。要研究完善企业所得税收入全部归中央的汇总纳税企业的管理办法，重新审核确认上述企业的二级分支机构。
4．加强企业所得税行业管理
各地要认真按照银行、房地产、餐饮、钢铁、烟草、电力、建筑业等企业所得税管理操作指南的要求，做好分行业信息采集、预缴分析、纳税评估和日常核查等工作。要着力研究制定建筑业企业所得税管理办法，推进专业化管理。
5．加强企业所得税优惠审核
税务总局将进一步研究明确企业所得税优惠审核审批备案管理问题。各地要加强对享受税收优惠企业的审核认定，做好动态管理；对不再符合条件的，一律停止其享受税收优惠。
（二）个人所得税
1．推进全员全额扣缴明细申报
各地要加快推广个人所得税管理系统，进一步落实《国家税务总局关于进一步推进个人所得税全员全额扣缴申报管理工作的通知》（国税发[2007]97号），力争在2009年底前将所有扣缴单位纳入全员全额扣缴明细申报管理。凡是2008年度扣缴税款在10万元以上的扣缴单位，从2009年6月份开始必须实行全员全额扣缴明细申报。扣缴单位在办理扣缴申报时，必须按全员全额扣缴明细申报的要求报送《扣缴个人所得税报告表》；进行汇总申报的，税务机关不予受理。税务总局将在2009年第四季度组织全员全额扣缴明细申报执法检查，发现应实行未实行的，将通报批评。
2．规范高等院校代扣代缴个人所得税
各地要大力推进高校全员全额扣缴明细申报，加强高校教师除工资以外的其他收入和兼职、来访讲学人员的个人所得税征管。要选择部分扣缴税款可能不实、人均纳税额较低的高校进行分析、评估和检查，发现应扣未扣税款行为，要依法处理。
3．加强股权转让所得个人所得税征管和自行纳税申报的后续管理工作
各地要主动加强与工商部门的协作，获取个人股权转让信息；进一步规范股权转让所得个人所得税征管流程，健全内部管理机制；对形式上采取平价、低价转让且没有正当理由的，可对其计税依据进行核定。各地要做好2008年度年所得12万元以上纳税人自行纳税申报应补税款的入库和后续管理工作。
4．加强企业工资薪金支出总额和已代扣代缴个人所得税工资薪金所得总额的比对
国税局、地税局要加强协作，对企业所得税申报表中的工资薪金支出总额和已代扣代缴个人所得税工资薪金所得总额进行比对。对二者差异较大的，地税局要进行实地核查或检查，对应扣未扣税款的，应依法处理。2009年度比对范围不得低于企业所得税汇算清缴总户数的10％。