国家税务总局关于废止逾期增值税扣税凭证一律不得抵扣规定的公告
国家税务总局公告2011年第49号 2011.9.14
经国务院批准，现将《国务院办公厅转发国家税务总局关于全面推广应用增值税防伪税控系统意见的通知》(国办发[2000]12号)第三条中“凡逾期未申报认证的，一律不得作为扣税凭证，已经抵扣税款的，由税务机关如数追缴，并按《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定进行处罚”规定废止。
2007年1月1日以后开具的增值税扣税凭证逾期未认证或未稽核比对如何处理问题，另行公告。【税屋备注——国家税务总局公告2011年第78号 国家税务总局关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告】
本公告自2011年10月1日起执行。
特此公告。
后续文件——
国家税务总局公告2011年第50号 国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告
haihan点评——
暂不说审计署指责国家税务总局人为调节自己制定增值税抵扣期限，让法规刚性变成随意性，使用广大的纳税人得不到公平和平等对待。国家税务总局一直不服气的问题了。就说实际中经常发生的经济业务：
2010年8月份A供应商向B企业提供一批生产原材料，B企业将这批生产原材料拿过来生产使用了，由于种种原因没有支付款项给A供应商。
A供应商会计发愁了，这批生产原材料不在企业的仓库了，肯定是要做“库存商品”的减少。这批生产原材料已经被B企业生产使用不存在了，肯定是不能做在“发出商品”中了。存货的减少，会计上要么做销售要么做损失处理。于是A供应商会计只好如实开具了增值税专用发票，确认了销售收入，把款项挂在“应收账款”上，货款记入“主营业务收入”中。
因为B企业没有支付货款，A供应商会计没有把开具增值税专用发票交付给对方。B企业没有履行合同支付款项的主义务，也就没有理由要求A供应商履行交付发票的随附义务。
——这样问题就来了，A供应商没有收到销售款项，却缴纳增值税销项，根据增值税价税分离和由下一个消费者承担的代收原则，等于是替B企业垫付了增值税款。无疑增加了A供应商经营资金压力。不符合税收法规的精神，于是国家税务总局发布了（2011）40号公告，意思是：A供应商会计再遇到这样的情况可以不必被迫先开具增值税专用发票了。
在司法部门多次调解下，A供应商和B企业终于达成协议，B企业的产品也销售出去有资金支付所欠的款现了，在2011年3月份收到A供应商在2010年8月份开具了增值税专用发票，但是B企业已经错过了增值税抵扣期限。
依据现行的开具红字发票政策，必须相互信任和认可配合下才能完成的，但是A供应商会计无法操作了，如果做虚拟销售退回再做销售是可行的，而A供应商无法再信任B企业了，这样真做销售退回会有极大的风险。认为由于B企业没有履行合同义务，交付在2010年8月份开具了增值税专用发票是正确的，不存在任何法律问题，即使有损失也是B企业应该承担的。
——这样问题就来了，B企业因为非主观原因并不是自己故意造成逾期未申报认证稽核比对，虽说是自己过错原因产生的，毕竟不是故意主观原因造成的。税收法规的目的是收税，企业也是如实缴纳税款的，而且进项税款抵不抵扣也不形成偷税行为。不让B企业抵扣税似乎说不过去。于是国家税务总局发布了（2011）48号公告，意思是：由于客观原因造成取得增值税扣税凭证逾期未认证或未稽核比对的，可以有条件的抵扣申报了。