企业填报的各项减免税数据，各基层主管税务机关应指定专人审核把关，并使用税务机关版减免税调查软件，逐级审核并上报分户数据和汇总数据。
（二）关于个体工商户纳税人的调查方式。对个体工商户不发《调查表》，由基层主管税务机关根据掌握的纳税资料和情况测算后，汇总填报《个体工商户减免税测算表》（以下简称《测算表》，见附件3）。
（三）关于国、地税局协调配合。国税局、地税局之间要加强沟通、配合，进行必要的信息交换，以保证调查资料的完整性。若纳税人将应由国、地税局分别采集的减免税调查资料合并报给某一方时，须将不属于己方的数据信息及时删除，并转交另一方税务机关汇总上报。
（四）关于调查软件。根据减免税统计调查的需要，总局对税收计会统报表管理系统进行了修订，主要对税收计会统报表管理系统的减免税功能模块进行了升级完善，形成了1号补丁（即：2012年减免税统计调查补丁）。具体包含企业版、税务机关版减免税调查软件以及使用说明。
2012年5月20日起国家税务总局将通过税务总局金税工程运维网（http://130.9.1.248/软件库/计统报表及重点税源管理软件）和内网可控FTP（E:/local/收入规划核算司/统计处/2012年减免税统计调查）下发各地。
四、组织实施
（一）一把手挂帅，各部门分工协作。各级税务机关及其领导要高度重视减免税统计调查工作，要充分认识当前国际国内经济形势下，总局组织开展全国性减免税统计调查的重要意义，认真组织实施。省及省以下各级税务机关一把手要亲自挂帅，按照总局的部署和要求，制定具体的调查工作计划。规划核算、政策法规、征管科技、电子税务管理中心和相关税种管理部门要分工协作，《调查表》的发放、回收、填报辅导和数据审核工作由征管科技部门安排税收管理员负责；数据的整理、加工、上报和分析工作由规划核算部门负责，落实到人。
（二）严格减免税申报和审批制度。通过调查，进一步规范对征前减免税的全面申报，要求享受减税、免税优惠的所有纳税人，无论当期是否有应交税金发生，都要对减免税情况予以申报，以切实掌握减免税发生和税源变化情况。对退库减免，也要按照有关规定进行报批。对没有按期申报或申报不实的，要依据税收征管法有关规定予以处罚。同时，要借此机会建立健全减免税管理档案，提高减免税管理水平。
（三）减免税调查与送政策上门相结合。要把减免税调查与送政策上门、与加强减免税管理结合起来，使减免税调查的过程成为为纳税人服务、规范减免税管理的过程。基层税务机关要根据总局的减免税文件目录（见附件5），对辖区内纳税人的减免税情况进行清理检查，使纳税人能充分享受税收优惠政策。对税收优惠政策没有到位的，要尽快落实；对越权减免税的要立即纠正，做到边调查、边检查、边整改。减免税文件目录由总局定期整理，通过代码维护方式下发各地。
（四）严格控制数据质量。基层主管税务机关要严格要求纳税企业认真、如实填报《调查表》，要结合日常税收管理过程中掌握的情况对《调查表》进行认真的验对审核。要采用销号办法，将企业填报的“纳税人识别号”与税务机关掌握的纳税登记信息相核对，使所有企业都参加调查。要加强报送资料审核，发现问题及时纠正，防止漏报、错报，确保调查表和汇总表项目完整、数据准确、报送及时。
（五）上报和总结减免税调查情况。各级税务机关须将调查基础数据和汇总数据（包括《调查表》、《测算表》和《汇总表》）以及调查报告以电子方式逐级上报至总局。省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局于 2012年8月20日上报2011年1-12月减免税情况。
总局将对各地组织开展情况和数据质量情况进行全面的总结和通报。