第十二条 年度终了，基层医疗卫生机构应按照财政部门决算编审要求，真实、完整、准确、及时编制决算。
基层医疗卫生机构年度决算由主管部门汇总报财政部门审核批复。对财政部门批复调整的事项，基层医疗卫生机构应及时调整。
第十三条 基层医疗卫生机构应当按照财政部门和主管部门的规定实施绩效考核，并按要求报送绩效考核报告。
主管部门每年都要结合核定工作任务完成情况，对基层医疗卫生机构的预算收支执行情况进行绩效考核，分析和评价预算执行效果，并将绩效考核结果作为年终评比考核、实行奖惩的重要依据，财政部门将绩效考核结果作为财政补助预算安排和结算的重要依据。
主管部门和财政部门应及时分析基层医疗卫生机构实际收支与财政核定的收支预算之间的差额及其变动原因，对不合理的超收或少支，应用于抵顶下一年度预算中的财政补助收入；对不合理的欠收或超支，应按本制度的有关规定处理，并追究相关责任人的责任。
第十四条 实行财务集中管理的基层医疗卫生机构，应由财务集中核算机构会同基层医疗卫生机构编报预算决算。
第三章 收入管理
第十五条 收入是指基层医疗卫生机构开展医疗卫生服务及其他活动依法取得的非偿还性资金。
第十六条 基层医疗卫生机构收入包括医疗收入、财政补助收入、上级补助收入和其他收入。
（一）医疗收入，即基层医疗卫生机构在开展医疗卫生服务活动中取得的收入，包括门诊收入、住院收入。
1.门诊收入是指为门诊病人提供医疗服务所取得的收入，包括挂号收入、诊察收入、检查收入、化验收入、治疗收入、手术收入、卫生材料收入、药品收入、一般诊疗费收入和其他门诊收入等。
2.住院收入是指为住院病人提供医疗服务所取得的收入，包括床位收入、诊察收入、检查收入、化验收入、治疗收入、手术收入、护理收入、卫生材料收入、药品收入、一般诊疗费收入和其他住院收入等。
（二）财政补助收入，即基层医疗卫生机构从财政部门取得的基本建设补助收入、设备购置补助收入、人员经费补助收入、公共卫生服务补助收入等。
（三）上级补助收入，即基层医疗卫生机构从主管部门和上级单位等取得的非财政补助收入。
（四）其他收入，即上述规定范围以外的各项收入，包括社会捐赠、利息收入等。
第十七条 医疗收入依据政府确定的付费方式和付费标准确认。
第十八条 基层医疗卫生机构要严格执行国家物价政策，建立健全各项收费管理制度。
基层医疗卫生机构门诊、住院收费必须使用省（自治区、直辖市）财政部门统一监制的收费票据，并切实加强管理，严禁使用虚假票据。
第十九条 医疗收入原则上当日发生当日入账，并及时结算。严禁隐瞒、截留、挤占和挪用。现金收入不得坐支。
第四章 支出管理
第二十条 支出是指基层医疗卫生机构开展医疗卫生服务及其他活动发生的资金耗费和损失。
第二十一条 基层医疗卫生机构支出包括医疗卫生支出、财政基建设备补助支出、其他支出和待摊费用：
（一）医疗卫生支出，即基层医疗卫生机构在开展基本医疗服务和公共卫生服务活动中发生的支出，包括医疗支出和公共卫生支出。
1.医疗支出是指基层医疗卫生机构在开展基本医疗服务活动中发生的支出，包括人员经费、耗用的药品及材料成本、维修费、其他公用经费等。
其中，人员经费包括基本工资、绩效工资、社会保障缴费、离退休费、住房公积金等。其他公用经费包括办公费、印刷费、水费、电费、邮电费、取暖费、物业管理费、差旅费、会议费、培训费等。
2.公共卫生支出是指基层医疗卫生机构在开展公共卫生服务活动中发生的支出，包括人员经费、耗用的药品及材料成本、维修费、其他公用经费等。