第十二条对违反本办法逾期不缴纳船舶港务费的，征稽机构除追缴费款外，并应从结算的次日起，按日核收应缴船舶港务费5‰的滞纳金。
对偷缴、抗缴船舶港务费的，征稽机构有权追缴费款、不予办理船舶出港手续，并可依据《中华人民共和国内河交通安全管理条例》，视情节轻重，给予处罚。
第十三条缴费人对征稽机构作出的行政处罚决定如有异议，可依法申请复议，或直接向人民法院提起诉讼。缴费人在法定的期限内既不申请复议又不履行行政处罚决定的，征稽机构可依《中华人民共和国交通安全管理违章处罚规定》强制执行或者申请人民法院强制执行。
第十四条对围攻、污辱以及殴打执行公务的征稽人员的当事人和主要责任人，违反治安管理规定的，由公安部门依法处理；触犯刑律的，追究其刑事责任。
第十五条征稽人员在执行公务时，应主动出示交通部长江港航监督局制作的“长江港航监督局船舶港务费征稽证”，做到文明执法，礼貌待人。
第十六条本办法所称“长江干线港口”是指重庆、涪陵、万县、巴东、宜昌、枝城、荆沙、监利、城陵矶、洪湖、武汉、黄石、武**、九江、安庆、池州、铜陵、芜湖、马鞍山、南京、镇江、高港、江阴、张家港、南通港和所辖站、点及企、事业单位的自建、使用、租用的码头、泊位及用于过驳的生产锚地。
第十七条进出长江港口航行国际航线的船舶和长江国际旅客旅游船的船舶港务费的征收按《交通部港口费收规则(外贸部分)》执行。其中，长江国际旅客旅游船的船舶港务费的征收每进出港口各港只计收一次。
第十八条本办法由交通部、国家计划委员会、财政部负责解释。交通部长江港航监督局可根据本办法制定实施细则报交通部备案。
第十九条本办法自1997年3月1日起实施，交通部发布的有关长江干线港口船舶港务费的规章、规范性文件与本办法不一致的，均以本办法为准。