十一、各级税务机关应通过集体研究讨论的方式确定调查对象。对税务总局确定的特别纳税调整联查案件，主管税务机关应将联查范围内的纳税人确定为调查对象。
十二、调查对象确定后，主管税务机关应填制《特别纳税调整立案审核表》（附件2），附立案报告及有关资料，通过特别纳税调整案件管理系统层报省税务机关复核。
省税务机关复核后同意上报税务总局立案的，应将《特别纳税调整立案审核表》、立案报告及有关资料通过特别纳税调整案件管理系统呈报税务总局审核。
十三、税务总局审核通过的立案申请，省税务机关应及时通过特别纳税调整案件管理系统将批准后的《特别纳税调整立案审核表》及有关资料转发给主管税务机关组织实施调查。
税务总局审核不同意立案的，省税务机关应将审核结论通过特别纳税调整案件管理系统转发给主管税务机关。
十四、在调查过程中，主管税务机关要求异地的关联方或可比企业提供相关资料的，应填写《特别纳税调整工作联系单（适用于协查）》（附件3），层报省税务机关，由省税务机关转发办理。
主管税务机关如需在全国范围收集关联方或可比企业信息资料的，应填写拟收集的行业和纳税人名称、地点及资料等具体内容，层报税务总局，由税务总局审核后发函联系办理。
主管税务机关如需查询中央各部委或境外有关价格信息资料的，应层报税务总局，由税务总局审核后按规定程序办理或根据有关规定通过税收协定的情报交换程序进行。
主管税务机关确需跨省实地调查取证的，应层报税务总局批准后方可实施。
十五、对于行业联查、集团联查等案件，税务总局可根据工作需要组成案件调查小组实施调查。
十六、主管税务机关在调查后，应形成案件初步调整方案或不予调整的意见和理由，填制《特别纳税调整结案审核表》（附件4），附结案报告及有关资料，通过特别纳税调整案件管理系统层报省税务机关，省税务机关应组成案件审核小组，集中对案件进行审核。
省税务机关审核同意后，通过特别纳税调整案件管理系统呈报税务总局审核。
重大案件的确定及审核程序，由税务总局另行规定。
十七、主管税务机关应根据税务总局对案件调整方案的决定，分以下情况进行处理：
（一）同意不予调整意见的，向被调查纳税人下发《特别纳税调查结论通知书》；
（二）同意初步调整方案的，向被调查纳税人下发《特别纳税调查初步调整通知书》；
（三）不同意不予调整意见或初步调整方案的，按照税务总局的修改意见完善后，依照本通知的相关规定再次层报审核。
被调查纳税人在接到《特别纳税调查初步调整通知书》后，在法定时限内未提出异议的，或者虽提出异议但经审议后不予采纳的，主管税务机关应下发《特别纳税调整通知书》。
被调查纳税人在接到《特别纳税调查初步调整通知书》后，在法定时限内提出异议，主管税务机关经审议后认为确需对调整方案进行修改的，应将修改后的调整方案依照本通知的相关规定再次层报审核。
十八、主管税务机关应及时跟踪税款、利息、滞纳金入库情况，并在纳税人实际缴纳之日起30日内，将补征税款、利息、滞纳金情况通过特别纳税调整案件管理系统填制《特别纳税调整补征税款、加收利息和滞纳金情况统计表》（附件5）层报税务总局备案。
十九、主管税务机关应在对纳税人实施特别纳税调整工作结束后，将工作过程中形成的文书、工作底稿、证据等材料，按相关规定集中归档。税务机关内部需要调阅的，应严格执行档案转出、接收和调阅手续。
二十、主管税务机关对纳税人实施转让定价调查调整后，应重点关注纳税人在跟踪管理年度的生产经营及关联交易变化情况，引导纳税人按照独立交易原则自我规范关联业务往来。若被跟踪纳税人存在与调整前相同或类似特别纳税调整问题，应与纳税人协商，要求纳税人自行调整，并将调增的应纳税收入或者所得额通过特别纳税调整案件管理系统层报税务总局备案。