2011年下半年应当计提的农田水利建设资金，由市、县（区）财政部门统一按照本地区2011年7月1日至2011年12月31日的土地出让收支情况以及本通知规定的计提口径和公式计算，分季度计提，按照半年清算，并填列“103014805 农田水利建设资金收入”科目。同时，相应减少“103014801 土地出让价款收入”科目数额。
三、农田水利建设资金专项用于农田水利设施建设
农田水利建设资金实行专款专用，专项用于农田水利设施建设，并重点向粮食主产区倾斜。具体使用范围包括：小型农田水利设施、田间工程和灌区末级渠系的新建、修复、续建、配套、改造；山丘区小水窖、小水池、小塘坝、小泵站、小水渠等“五小水利”工程建设；发展节水灌溉，推广渠道防渗、管道输水、喷灌滴灌等技术；牧区农田水利建设。同时，也可以用于上述农田水利设施的日常维护支出，但不得用于人员经费、公用经费等经常性开支。
农田水利设施建设支出项目，由市、县（区）水利部门根据经同级人民政府批准的农田水利建设规划提出，按照当地政府性基金预算管理要求，编制项目支出预算，经同级财政部门审核后纳入年度土地出让支出预算。其中，市、县（区）水利部门申报的农田水利建设项目，应当按规定经批准立项，须提供项目可行性说明、项目立项批准文件、项目实施计划和资金使用计划等相关资料。农田水利建设资金的支付，统一按照财政国库管理制度有关规定执行。
由于计提清算原因造成的农田水利建设资金结余，因农田水利建设项目变更、调整等形成的农田水利建设资金结余，以及跨年度的农田水利建设项目结转的农田水利建设资金，可以继续结转下年度安排使用。
为准确反映农田水利建设资金支出情况，在《2011年政府收支分类科目》中增设“2120812 农田水利建设资金安排的支出”科目，科目说明为“反映土地出让收益用于农田水利建设的支出”。
四、建立健全农田水利建设资金预决算管理制度
各地区要建立健全农田水利建设资金预决算管理制度。地方各级财政部门在编制政府性基金预算时，要细化土地出让收支预算项目编制工作，将农田水利建设资金收支预算纳入土地出让收支预算管理范围，并在土地出让收支预算中予以单列反映。地方各级财政部门在安排农田水利建设支出预算时，要统筹考虑公共预算资金来源，避免同类农田水利建设支出项目重复安排资金。地方各级水利部门要严格按照同级财政部门有关编制政府性基金预算的规定，编制农田水利建设资金收支预算，报经同级财政部门审核后并入土地出让收支预算，并由省级财政部门会同水利部门汇总后，于每年12月31日前连同预算编制说明一并报送财政部、水利部备案。农田水利建设资金收支预算的调整，严格按照政府性基金预算管理以及土地出让收支预算管理的相关规定执行。
每年年度终了，地方各级水利部门应当按照同级财政部门有关政府性基金决算编制的要求，编制农田水利建设资金收支决算，经同级财政部门审核后并入土地出让收支决算。同时，地方各级水利部门还应在部门决算中反映农田水利建设资金支出情况。各地区省级财政部门应当会同水利部门汇总编制本地区年度农田水利建设资金收支决算，并对当年农田水利建设资金收支管理情况撰写书面说明，于次年2月20日前报送财政部、水利部备案。
五、加强农田水利建设资金的监督管理
各级财政、水利部门要加强农田水利建设资金的监督管理，农田水利建设资金的计提、使用和管理依法接受审计监督。地方各级财政、水利部门要严格按照本通知规定，及时足额计提农田水利建设资金，确保农田水利建设资金按照规定用途使用。对于不按照本通知规定计提、使用和管理农田水利建设资金的，要严格按照《财政违法行为处罚处分条例》（国务院令第427号）有关规定进行处理。
六、抓紧制定农田水利建设资金具体实施办法
从土地出让收益中计提农田水利建设资金，是党中央、国务院加快水利改革发展做出的一项重大决策。各级财政、水利部门要站在全局高度，统一思想认识，高度重视并切实落实好这项政策。各地区要严格按照本通知规定，结合本地区实际情况，抓紧制定具体实施办法，报财政部、水利部备案。土地出让收益分布与农田水利建设资金需求不匹配的地区，经省级人民政府批准，可以根据本地区实际，决定省级是否统筹部分农田水利建设资金，用于平衡本地区相关市、县（区）农田水利设施建设开支，具体统筹比例和办法由省级财政部门会同水利部门制定，报财政部、水利部备案。