第十一条 国务院批准用岛的，无居民海岛使用金由国务院海洋主管部门负责征收。
省级人民政府批准用岛的，无居民海岛使用金由海岛所在地省级海洋主管部门负责征收。
第十二条 无居民海岛使用金实行就地缴库办法。
省级以上海洋主管部门征收无居民海岛使用金，应当向无居民海岛使用者开具《无居民海岛使用金缴款通知书》，通知无居民海岛使用者按照有关要求，填写，“一般缴款书”，在无居民海岛所在市、县就地缴纳无居民海岛使用金。省级以上海洋主管部门应将《无居民海岛使用金缴款通知书》以及“一般缴款书”第四联复印件报送财政部驻当地财政监察专员办事处备查。填写“一般缴款书”时，“财政机关”填写“财政部门”，“预算级次”填写“中央地方分成”，“收款国库”填写实际收纳款项的国库名称，“备注”栏注明中央地方分成比例。
《无居民海岛使用金缴款通知书》应当明确用岛面积、适用的征收等别、征收标准、应缴纳的无居民海岛使用金数额、缴纳无居民海岛使用金的期限、缴库方式、适用的政府收支分类科目等相关内容。无居民海岛使用者应当在收到《无居民海岛使用金缴款通知书》一个月之内，按要求缴纳无居民海岛使用金。
无居民海岛使用金收入列《政府收支分类科目》“1030708无居民海岛使用金收入”(新增)，并下设01目“中央无居民海岛使用金收入”和02目“地方无居民海岛使用金收入”。
第十三条 无居民海岛使用者未按规定及时足额缴纳无居民海岛使用金的，按日加收1‰的滞纳金。
滞纳金随同无居民海岛使用金按规定分成比例和科目一并缴入相应级次国库。
第三章 免缴
第十四条 下列用岛免缴无居民海岛使用金：
(一)国防用岛；
(二)公务用岛，指各级国家行政机关或者其他承担公共事务管理任务的单位依法履行公共事务管理职责的用岛；
(三)教学用岛，指非经营性的教学和科研项目用岛；
(四)防灾减灾用岛；
(五)非经营性公用基础设施建设用岛，包括非经营性码头、桥梁、道路建设用岛，非经营性供水、供电设施建设用岛，不包括为上述非经营性基础设施提供配套服务的经营性用岛；
(六)基础测绘和气象观测用岛；
(七)国务院财政部门、海洋主管部门认定的其他公益事业用岛。
第十五条 免缴无居民海岛使用金的，应当依法申请并经核准。
符合本办法第十四条规定情形的项目用岛，申请人应当在收到《无居民海岛使用金缴款通知书》之日起30日内，按照下列规定提出免缴无居民海岛使用金的书面申请，逾期不予受理：
(一)申请人申请免缴国务院审批项目用岛应缴的无居民海岛使用金，应当分别向国务院财政、海洋主管部门提出书面申请。
(二)申请人申请免缴省级人民政府审批项目用岛应缴的无居民海岛使用金，应当分别向项目所在地的省级财政、海洋主管部门提出书面申请。
第十六条 申请人申请免缴无居民海岛使用金，应当提交下列相关资料：
(一)免缴无居民海岛使用金的书面申请，包括免缴理由、免缴金额、免缴期限等内容；
(二)能够证明项目用岛性质的相关证明材料；
(三)省级以上财政、海洋主管部门认为应当提交的其他相关材料。
第十七条 国务院财政、海洋主管部门原则上应当在收到申请人的申请后60日内，由国务院海洋主管部门对免缴无居民海岛使用金的合法性提出初审意见，经同级财政部门审核同意后，由国务院财政部门会同同级海洋主管部门以书面形式批复申请人。
省级财政、海洋主管部门原则上应当在收到申请人的申请后60日内，由省级海洋主管部门对免缴无居民海岛使用金的合法性提出初审意见，经同级财政部门审核同意后，由省级财政部门会同同级海洋主管部门以书面形式批复申请人。
第十八条 经依法核准免缴无居民海岛使用金的用岛项目，申请转让无居民海岛使用权或者改变海岛用途和用岛性质的，应当按照有关规定重新履行无居民海岛使用金免缴申请和报批手续。