（四）高新技术企业税收优惠政策执行不严的现象仍然存在，造成税款流失26.66亿元。
审计抽查了18个省区市的148户高新技术企业，不具备资格和不符合条件的企业违规享受优惠政策的问题与上次审计相比有明显下降，但仍有9个省市的认定管理机构将17户不符合条件的企业认定为高新技术企业，导致这些企业2009年至2010年享受高新技术企业减免税优惠26.65亿元。其中，5户企业不拥有核心知识产权，2户企业产品不属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围，3户企业申报的核心技术和主要产品收入没有相关性，3户企业高新技术产品（服务）收入占企业当年总收入的比例未达到国家规定标准，3户企业的研发费用占销售收入的比例低于规定比例，1户企业的科技人员比例不符合规定要求。此外，审计还发现个别国税局对不在高新技术企业名单之内的企业给予了税收优惠117.59万元。
（五）跨地区经营汇总纳税企业所得税管理办法还不够完善，造成税款流失1.34亿元。
2008年以来，国家税务总局相继出台了多项汇总纳税的管理制度和办法，要求汇总纳税企业分支机构所在地税务机关依法履行监管职责。审计抽查了4家实行跨地区经营汇总纳税企业的部分二、三级分支机构，有56个分支机构存在虚列支出、少计收入、违规税前扣除等问题，流失税款1.34亿元。汇总纳税企业税收征管办法不完善，分支机构所在地税务机关缺乏监管动力和压力，导致监管缺失，是造成上述问题的一个重要原因。审计还发现3个省市的有关税务机关近两年来对一些汇总纳税企业在本省市的三级分支机构没有开展过税务检查，这些分支机构也未向有关税务机关报送过相关资料。
三、审计发现问题的整改情况
审计结束后，审计署向国税部门出具了审计报告，依法下达了审计决定，国家税务总局及各省级国税局对审计发现的问题很重视，多次专门召开会议研究部署整改工作。截至目前，有关国税局调节收入进度问题已整改完毕；一些国税局已追缴违规减免的税款3007万元；部分国税局对企业申报不实、多列成本少计收入等问题，已重新审核并追征税款入库2.4亿元；对于发票管理使用方面问题，有的正在立案查处，有的责任人已受到处分；对于不符合条件企业享受高新技术税收优惠问题，有的国税局已提请认定机构对相关企业进行复核；相关政策不完善之处，国家税务总局正在研究解决。审计署将继续跟踪审计查出问题的整改情况。