经核定的种源免税进口年度计划以及审批单位出具的免税审批证明在公历年度内有效，不得跨年度结转。未经批准或未列入年度计划的进口种源应照章征收进口环节增值税。
五、种源进口免税手续
财政部、国家税务总局核定工作一般在每年2月底前完成。在此之前，提出免税进口申请并已受理的种源进口单位凭审批单位证明，可向海关申请凭税款担保先予办理进口货物放行手续。种源进口单位取得免税审批证明后，凭免税审批证明到海关办理免税手续；未取得免税审批证明或报关进口数量超过免税审批证明批准数量的种源进口单位，按海关规定缴纳进口环节增值税。
六、监管及处罚
审批主管部门应于每年7月15日前总结本部门各审批单位上半年审批情况，报送财政部、海关总署、国家税务总局；并于每年1月15日前总结上一年度免税进口执行情况，报送财政部、海关总署、国家税务总局。年度执行情况报告应分项说明审批单位，审批种源类别，审批数量，税则号列，报关进口单位、数量、金额、免税金额，以及进口种源最终用途等内容；并针对报关进口数量与核定免税进口数量有较大差异的品种详细说明原因。
财政部将会同海关总署、国家税务总局和审批主管部门对免税进口执行情况进行核查。
对超过核定计划数量审批的审批单位，由审批主管部门对有关审批单位及有关审批人员予以书面通报批评。在有关审批单位未完成整改前，审批主管部门应暂停其免税审批资格，财政部、国家税务总局应暂停核定有关品种的免税进口年度计划，并在核定下一年度免税进口计划时扣减超批数量。
免税进口种源用途应符合本办法第三条“种源进口免税条件”的规定，未经合理种植、培育（试种）、养殖或饲养不得转让。对违反规定的种源进口单位，按照有关规定处罚，并暂停其1年免税进口资格；依法被追究刑事责任的种源进口单位，暂停其2年免税进口资格。
七、实施细则
农业部、国家林业局根据本办法规定商财政部、海关总署和国家税务总局制定实施细则。
八、本办法有效期为2009年1月1日至2010年12月31日。