第十二条 中央专项资金财政零余额账户代理银行与省级财政国库单一账户的资金清算，按照省级财政部门规定办理。
第三章 县级财政支付管理
第十三条 县级财政部门应当按照农村义务教育经费保障机制改革有关规定和本办法要求，及时办理中央专项资金财政直接支付业务，确保专款专用，不得截留、滞留、挤占和挪用。
第十四条 县级财政部门收到中央专项资金预算文件后，应当及时将预算下达到县级教育部门或学校，并区分中央专项资金的支出类型，通过特设专户办理财政直接支付业务。其中：
（一）大型工程采购、大宗货物和服务采购等支出，将资金直接支付到收款人。
（二）其他支出，包括日常、零星支出和紧急支出等，将资金直接支付到学校账户，或县级财政和教育部门确定的直接核算学校经费的有关账户。
第十五条 中央专项资金特设专户代理银行对于通过该账户直接支付的业务，应当于当日将支付信息反馈县级财政（国库）部门。并及时向县级教育部门或学校提供《中央专项资金县级财政直接支付入账通知书》（附件2），作为县级教育部门和学校收到和付出中央专项资金的原始凭证。
第四章 管理与监督
第十六 条财政部在中央专项资金支付管理中的职责是：
（一）组织制定中央专项资金支付管理的制度办法。
（二）根据预算和有关规定合理调度资金、及时办理资金拨付等财政国库业务。
（三）对省级财政部门中央专项资金财政零余额账户和县级财政部门中央专项资金特设专户资金支付的及时性和收款人信息等进行动态监控。
（四）对支付管理中的重大事项组织调研、核查和处理；对政府采购实施情况进行监督管理。
第十七条 教育部在中央专项资金支付管理中的职责是：
（一）配合财政部制定中央专项资金支付管理制度办法。
（二）配合财政部加强资金支付管理与监督。
（三）指导省级教育部门做好免费教科书的政府采购和支付管理等工作。
（四）督促下级教育部门做好对学校的财务监督管理工作。
第十八条 省级财政部门在中央专项资金支付管理中的职责是：
（一）做好中央专项资金预算分配等管理工作，制定有关制度办法和内部操作规程，按规定支付中央专项资金。