市、县人民政府在收到国土资源管理部门开具的缴款通知书后，应当及时通知市、县财政部门填写一份“一般缴款书”，将应当缴纳的新增建设用地土地有偿使用费全额就地缴入国库。市、县财政部门在缴款时，“一般缴款书”中收款单位栏填写“财政部门”，预算级次填写“中央和省级共享收入”，收款国库栏填写当地实际收纳款项的国库名称；填写预算科目时，30%填列政府收支分类科目103013301目“中央新增建设用地土地有偿使用费收入”科目，70%填列政府收支分类科目103013302目“地方新增建设用地土地有偿使用费收入”科目。国库部门办理缴库手续后，将加盖国库印章的“一般缴款书”第 四、五联退市、县财政部门。市、县财政部门将收到的“一般缴款书”第四、五联分别报送省级财政部门和财政部驻当地财政监察专员办事处备查。已经实施非税收入收缴管理制度改革的地方，新增建设用地土地有偿使用费的缴库方式，按照非税收入收缴管理制度改革的有关规定执行。市、县财政部门缴纳新增建设用地土地有偿使用费，可以从国有土地使用权出让收入等财政性资金中列支，并填列政府收支分类科目2120899项“其他土地使用权出让金支出”等相应科目。
国土资源部和各省、自治区、直辖市国土资源管理部门应当在收到市、县人民政府已足额缴纳新增建设用地土地有偿使用费的有效凭证后，再依法办理用地批准文件，并抄送财政部、财政部驻各地财政监察专员办事处以及省级财政部门。财政部驻各地财政监察专员办事处以及省级财政部门，要按照国土资源管理部门开具的新增建设用地土地有偿使用费缴款通知书、缴款凭证、用地批准文件等，抽查核实市、县人民政府是否及时足额缴纳新增建设用地土地有偿使用费，并按月做好与国库以及国土资源管理部门的对账工作，确保有关数据准确无误。
严禁市、县人民政府和有关部门将新增建设用地土地有偿使用费转嫁由用地单位缴纳。严禁在审批新增建设用地时采取“以租代征”等方式，逃避缴纳新增建设用地土地有偿使用费。市、县人民政府凡不按国家规定的等别和征收标准及时足额缴纳新增建设用地土地有偿使用费的，国土资源部和各省、自治区、直辖市国土资源管理部门一律不得办理用地审批手续和批准文件。任何地区、部门、单位和个人，均不得减免、缓缴、挤占、截留和挪用新增建设用地土地有偿使用费。
五、认真做好新增建设用地土地有偿使用费清欠工作国土资源管理部门和财政部门要加强新增建设用地土地有偿使用费征收工作，对于地方违反规定减免和欠缴新增建设用地土地有偿使用费的，要进行逐项清理，并限期追缴。其中：对于2004年《
国务院关于深化改革严格土地管理的决定》（国发[2004]28号）发布后，各地违反规定减免和欠缴的，要在2006年12月31日前全部清缴完毕。2006年12月31日前清缴的新增建设用地土地有偿使用费，按照原有规定解缴入库；2006年12月31日以后清缴的新增建设用地土地有偿使用费，一律按照本通知第四条规定解缴入库。逾期未缴的，一律暂停审批该市、县下一年度新增建设用地指标，并按其滞纳金额及日期按日加收1‰的滞纳金。滞纳金随同清缴的新增建设用地土地有偿使用费一并按规定比例分别缴入中央和省级国库。拒不缴纳的，除了由国土资源部和各省、自治区、直辖市国土资源管理部门会同同级财政部门进行公示、暂停办理新的新增建设用地审批手续和下达该市、县下一年度新增建设用地指标、加收滞纳金以外，还应由财政部和省级财政部门在办理年终结算时予以相应抵扣。
六、改进和完善新增建设用地土地有偿使用费使用管理为提高新增建设用地土地有偿使用费使用效率，进一步改进和完善新增建设用地土地有偿使用费使用管理。从2007年1月1日起，中央分成的新增建设用地土地有偿使用费，由财政部会同国土资源部主要参照各地国土资源管理部门核实的截至上一年底基本农田面积和国家确定的土地开发整理重点任务分配给各省、自治区、直辖市、计划单列市，并向中西部地区和粮食主产区倾斜，专项用于基本农田建设和保护、土地整理、耕地开发等开支。各省、自治区、直辖市、计划单列市分成的部分，加上中央财政专项分配的新增建设用地土地有偿使用费，统一由省级财政部门会同国土资源管理部门，主要参照各地国土资源管理部门核实的截至上一年底基本农田面积、国家和省级确定的土地开发整理重点任务分配给市、县，专项用于基本农田建设和保护、土地整理、耕地开发等开支。