1.如果经抵扣方主管国税机关审核检查，即可查明“不符”、“缺联”、“属于作废”、“重号”原因，而不需再由开票方主管税务机关（海关代征进口增值税专用缴款书为海关代征进口增值税专用缴款书入库地国税机关所属计统部门，下同）继续审核检查的，按照国税发〔2004〕119号文件规定的不同情况依有关规定分别进行处理。
2.如果属于抵扣联采集录入等技术性错误的其他抵扣凭证，进行修改后经人工比对两联相符，将“比对相符”的信息汇总上报；进行修改后经人工比对两联仍不符的，将修改后的信息交开票方主管税务机关管理部门继续审核检查。
3.如果需由开票方主管税务机关继续审核检查的，交由开票方主管税务机关管理部门继续审核检查。
（二）开票方主管税务机关管理部门对抵扣方主管国税机关转来信息的审核检查
1.如果不属于存根联（包括海关代征进口增值税专用缴款书第五联，下同）采集录入等技术性错误，将结果反馈抵扣方主管国税机关。
2.如果属于存根联采集录入等技术性错误的其他抵扣凭证，进行修改后经人工比对两联相符的，或进行修改后两联仍不符的，将信息反馈抵扣方主管国税机关；如果属于误操作等原因的增值税专用发票，将信息反馈抵扣方主管国税机关。税务机关误操作的还应出具书面证明。
3.对由于开票方原因造成比对异常的，由开票方主管税务机关管理部门按照国税发〔2004〕119号文件规定的不同情况依有关规定分别进行处理。
（三）抵扣方主管国税机关对开票方主管税务机关已经审核检查的增值税抵扣凭证，根据其返回的审核检查结果确定比对异常原因，按照国税发〔2004〕119号文件规定的不同情况依有关规定分别进行处理。在排除税务机关技术、误操作等原因造成的稽核比对异常发票后，如需进一步检查的，由抵扣方主管国税机关稽查部门继续检查。
六、规范填制海关代征进口增值税专用缴款书抵扣清单
目前通过审核检查发现纳税人填制海关代征进口增值税专用缴款书（以下简称缴款书）抵扣清单和税务机关填制缴款书第五联清单信息不规范是造成缴款书比对异常的主要原因。为提高缴款书比对相符率，对缴款书有关问题说明如下：
（一）缴款书号码的编制原则
目前，海关H2000通关系统与H883通关系统并行，预计H883通关系统将于2005年退出实际运行。
缴款书号码在H883通关系统中共有19位，各位的含义是：号码前6位（包括括号）代表进口报关的年份和月份；第7到15位数字为报关单编号；第16个字符为征税标志，其中“—”为正常征税标志，“/”为补税标志，“#”为退税标志，“D”为删除标志，“@”为违规补滞纳金标志；第17位字母为税种标志，其中“A”为关税标志，“L”为增值税标志，“Y”为消费税标志，“I”为特别关税标志；第18、19位数字为报关单所产生的专用缴款书顺序号。如：缴款书号码为“（0407）024114793—L02”，纳税人填制抵扣清单时，缴款书号码应包括括号及括号内四位数字和“—”在内的19位均需填写，应填写为“（0407）024114793—L02”。
缴款书号码在H2000通关系统中共有22位，各位的含义是：号码前4位为各海关代码；第5至8位为年份；第9位为进出口标志，其中“1”为进口标志，“0”为出口标志；第10至18位为报关单编号；第19位为征税标志（含义同H883系统），第20位为税种标志（含义同H883系统）；第21位至22位为报关单所产生的专用缴款书顺序号（含义同H883通关系统）。如：缴款书号码为“020720041074517694—L02”，纳税人填制抵扣清单时（包括“—”在内）的22位均需填写，应填写为“020720041074517694—L02”。H2000通关系统开具的缴款书中号码上一行打印的四位日期如：“（0311）”不属于缴款书号码，不应当填写。