第九条 委托方收到协查回函结果后，需再次发出委托协查，应详细说明新发现的违法事实或疑点。
第十条 除另有规定外，涉案发票的票面合计金额在1000万元以上不满5000万元的，由市（州）稽查局组织协查；票面合计金额在5000万元以上不满1亿元的，由省、直辖市、自治区和计划单列市（以下简称省）稽查局组织协查；票面合计金额在1亿元以上的，由国家税务总局稽查局组织协查。
票面合计金额未达到上级组织协查标准的，经上级稽查局审批同意，委托方可提请上级组织协查。
国家税务总局稽查局组织查办或督办的重大案件，或有特殊要求的其他重大案件的协查，应由国家税务总局稽查局组织。
省税务机关组织查办的案件需要发出委托协查，应由省稽查局组织。
第十一条 国家税务总局稽查局组织查办或督办的属于涉密案件的协查，经国家税务总局稽查局批准后，委托方可在协查系统内采取加密法生成委托协查函。
第三章 受托协查管理
第十二条 受托方应依据委托方《协查要求》组织人员进行检查，并将协查函作为稽查线索，发现被查对象涉嫌偷骗税等税收违法行为达到《税务稽查工作规程》立案标准，按照有关规定立案查处。
第十三条 受托方应遵循以下要求和程序开展工作：
（一）及时登记协查系统的协查函。
（二）稽查局负责人对接收后待检查和检查后待回复的信息进行审批。
（三）依据委托方《协查要求》开展检查工作。
（四）依据检查情况，按照《增值税抵扣凭证协查结果代码定义》逐项选择协查结果代码，填写《增值税抵扣凭证调查结果清单》（以下简称《结果清单》），撰写《增值税抵扣凭证案件协查报告》（以下简称《协查报告》）。
（五）查实被查对象存在税收违法行为并作出相应税务处理或税务行政处罚，依据《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》和入库凭证，在协查系统内依据纳税人和协查函号录入所检查发票对应的查处结果和入库结果。
（六）依据《涉税案件移送书》在协查系统内录入被查对象移送司法机关情况。
（七）依据《协查案卷》的要求组卷。
（八）在协查系统内回复协查结果信息，并依据委托方《协查要求》在1个工作日内按照案件保密的有关要求寄送纸质证明资料。