以进项税额控制数与增值税申报表中的本期进项税额核对，若前者明显小于后者，则可能存在虚抵进项税额和未付款的购进货物提前申报抵扣进项税额的问题。
3销售额分析。将损益表中的当期销售成本加上按成本毛利率计算出的毛益额后，与损益表，增值税申报表中的本期销售额进行对比，若表中数额小，且差距较大，则可能存在销售额不入账，挂账或瞒报等问题。成本毛利率计算公式如下：
成本毛利率＝（本年累计毛利额/本年累计销售成本）X100%
第五条 将稽核发现的问题和疑点，分别不同情况作如下处理：
（一）对纳税人申报异常提出质询，并逐一记录质询情况，质询记录内容包括：纳税人名称，纳税人识别号，申报异常所属时期，销售额变动率及税负率，答复人姓名以及答复情况等。
（二）对申报异常且无正当理由的纳税人应填写，送交检查；申报异常现象特别严重或有较大偷骗税嫌疑的，填写送交专案检查。
（三）质询记录，待查对象通知和检查情况所报资料要随时复核，定期统计并报主管领导审阅。
第六条 对稽核阶段未被列入检查对象的纳税人，应定期随机抽取一定数量的待查对象送交检查。对该类纳税人的检查间隔（即实施两次检查之间的时间）最长不得超过3年。
第七条 增值税检查是税务机关对纳税人会计核算资料及有关生产经营情况进行实地检查的过程。
第八条 增值税检查的对象为稽核环节送达的未申报清单和待查对象通知所列的纳税人以及根据本办法第六条确定的纳税人。
第九条 增值税检查应按计划组织实施，对未申报待查对象的检查应自通知送达之日起1个月内实施，对申报异常的待查对象的检查应自通知送达之日起2个月内实施。