十、增值税一般纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日90天后的第一个纳税申报期结束以前申报抵扣。
十一、增值税一般纳税人取得的2003年12月31日以前开具的货物运输业发票，在填报《增值税运输发票抵扣清单》时暂不填写“运输单位主管地方税务局名称”和“运输单位主管税务局代码”栏。取得2004年1月1日后开具的货物运输业发票，必须按照《增值税运输发票抵扣清单》的要求填写全部内容。
十二、增值税一般纳税人当期没有货物运输业发票申报抵扣的，可不报送《增值税运输发票抵扣清单》。
十三、抵扣清单信息采集软件“发票号码”字段宽度为10位。货物运输业发票号码长于10位的，在全国货物运输业发票统一式样之前，暂只采集其最后10位。
十四、货物运输业发票汇总软件主要用于实现各级国家税务局、地方税务局进行采集数据的汇总导出和对导入文件的可靠性检验两个功能。为了满足各级国家税务局、地方税务局的业务操作要求，提供如下解决方法：
（一）对于增值税一般纳税人采集住处的准确性通过与原CTAIS或各省征管软件进行“一窗式”比对来实现。具体方法是：纳税申报数据的核查通过采集数据与增值税申报附表2中7%抵扣项进行“一窗式”表间比对来完成。该功能由征管软件读取采集信息并进行审核，在审核无误后计算汇总数据与附表2中7%抵扣项进行比对。比对无误后才能进行数据的汇总。国家税务总局现已基本完成原CTAIS软件的接口和纳税人采集数据检查软件，并已在国家税务总局技术支持网站（139．9．1．248）上发布。
对于使用自行开发的征管软件进行货物运输业发票数据处理的单位，国家税务总局提供接口数据标准，已放在国家税务总局技术支持网站（130．9．1．248）上。各单位可自行修改其征管软件，满足“一窗式”比对要求。
（二）对于营业税纳税人采集信息的准确性，是通过提供纳税人采集数据检查软件，检查数据项的采集是否满足要求，显示纳税人基本住处及发票汇总清单的金额合计和数量合计，以方便使用。该软件现已在国家税务总局技术支持网站（130．9．1．248）上发布。
（三）对于采集汇总信息的查询、统计等数据挖掘要求，将在省级国家税务局数据入库后，使用数据库软件的数据处理能力来实现。即在数据稽核软件中使用浏览器平台提供数据共享、多维查询、统计报表等功能。