4.核发处理决定。主管税务机关应结合季度所得税申报表及日常征管情况，对企业报送的年度申报表及其附表和其它有关资料进行初步审核后，在5月底前，对应补缴所得税、应办理退税的企业发送《外商投资企业和外国企业汇算清缴涉税事项通知书》，并办理税款多退少补事宜。
5.总、分支机构协调管理。
（1）总机构或负责合并申报缴纳企业所得税的营业机构（以下简称汇缴机构）所在地主管税务机关，在接受企业年度所得税汇总或合并申报后，应于每年5月31日前为纳税人开具《外商投资企业和外国企业汇总或合并申报企业所得税证明》（见附件1）；企业所属各分支机构或营业机构（以下简称营业机构）应于每年6月30日前，将该证明及其年度申报表和会计报表送交其所在地主管税务机关。
（2）汇缴机构所在地主管税务机关，在对企业的汇总或合并申报资料进行审核时发现其所属营业机构的疑点，需要进一步核实的，可以向该企业的营业机构所在地主管税务机关发出《营业机构税务事项协查函》（附件2），该营业机构所在地主管税务机构应负责就协查事项进行调查核实，并将结果函复汇缴机构所在地主管税务机关。
（3）营业机构所在地主管税务机关在日常管理或税务检查中，发现营业机构有少报收入或多列成本费用等所得税的问题，应将有关情况及时向汇缴机构所在地主管税务机关发出《营业机构税务处理联络函》（见附件3）。