在上述规定期限内未向营业机构所在地主管税务机关提供汇缴机构所在地主管税务机关出具前述已汇总申报的证明，且又无延期申报批准文件的，由营业机构所在地主管税务机关负责检查核实或核定该营业机构应纳税所得额，并结合税收法律法规规定的税收待遇，计算应补税额、就地征收及实施处罚；但企业汇总申报处于亏损年度或免税年度的，应由营业机构所在地主管税务机关书面通知汇缴机构所在地主管税务机关进行统一税务调整处理。
八、企业在办理年度所得税申报时，应要求中国注册会计师在其出具的年度查帐报告中列示有关税务调整的项目、原因、依据、计算过程、调整金额等，并注明年度应纳税所得额。
九、企业申报年度所得税并自核自缴应补缴税款后，经主管税务机关审核，仍须补缴所得税的，应在收到主管税务机关送达的《外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴涉税事宜通知书》（见附件1）后按规定时限将税款补缴入库。
十、企业申报年度所得税并经主管税务机关审核后，需要办理退税的，应在收到主管税务机关送达的《外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴涉税事宜通知书》（见附件2）后，及时向主管税务机关提出退税申请，并按照主管税务机关的要求办理退税手续。
十一、企业在所得税汇算清缴期限内，发现当年度所得税申报有误的，可在所得税汇算清缴期限内向主管税务机关重新办理年度所得税申报和汇算清缴。
十二、企业报送报表期限的最后一日是法定休假日的，以休假日期满的次日为期限的最后一日；在期限内有连续3日以上法定休假日的，按休假日天数顺延。
十三、企业未按规定期限办理年度所得税申报，且未经主管税务机关批准延期申报，或报送资料不全、不符合要求的，应在收到主管税务机关送达的《责令限期改正通知书》后按规定时限补报。
企业未按规定期限办理年度所得税申报，且未经主管税务机关批准延期申报的，主管税务机关除责令其限期申报外，可按照征管法的规定处以2000元以下的罚款，逾期仍不申报的，可处以2000元以上1万元以下的罚款，同时核定其年度应纳税额，责令其限期缴纳。企业在收到主管税务机关送达的《应纳税款核定通知书》（见附件3）后，应在规定时限内缴纳税款。
十四、企业未按规定期限办理所得税汇算清缴，主管税务机关除责令其限期办理外，对发生税款滞纳的，应从滞纳之日起按日加收万分之五的滞纳金。
十五、企业同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照主管税务机关的纳税决定缴纳税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以在缴纳税款或提供相应的担保之日起六十日内向主管税务机关的上一级税务机关申请行政复议。