第十二条 商务部授权机构根据公布的条件，受理申请者提交的豆油、菜子油、棕榈油、食糖、羊毛、毛条申请及有关资料，并于11月30日前将申请转报商务部（凭合同先来先领分配方式除外），同时抄报发展改革委。
发展改革委授权机构根据公布的条件，受理申请者提交的小麦、玉米、大米、棉花申请及有关资料，并于11月30日前将申请转报发展改革委，同时抄报商务部。
第三章 分 配
第十三条 农产品进口关税配额将根据申请者的申请数量和以往进口实绩、生产能力、其他相关商业标准或根据先来先领的方式进行分配。分配的最小数量将以每种农产品商业上可行的装运量确定。
第十四条 每年1月1日前，商务部、发展改革委通过各自授权机构向最终用户发放《农产品进口关税配额证》，并加盖“商务部农产品进口关税配额证专用章”或“国家发展和改革委员会农产品进口关税配额证专用章”。
国营贸易配额在《农产品进口关税配额证》上注明。
第四章 期 限
第十五条 年度农产品进口关税配额于每年1月1日开始实施，并在公历年度内有效。《农产品进口关税配额证》自每年1月1日起至当年12月31日有效。
实行凭合同先来先领分配方式的《农产品进口关税配额证》有效期，按公布的实施细则执行。
第十六条 当年12月31日前从始发港出运，需在下一年到货的进口关税配额农产品，最终用户需持《农产品进口关税配额证》及有关证明单证到原发证机构申请延期。原发证机构审核情况属实后可予以办理延期，但延期最迟不得超过下一年2月底。
第五章 执 行
第十七条 最终用户按国家相关商品进口经营的有关规定，自行或委托签订进口合同。
第十八条 加工贸易进口实行关税配额管理的农产品，海关凭企业提交的《加工贸易业务批准证》办理加工贸易合同备案手续，凭提交的在“贸易方式”栏目中注明“加工贸易”的《农产品进口关税配额证》办理通关验放手续。
加工贸易企业未能按规定期限加工复出口的，应在到期后30天内办理加工贸易合同核销手续。海关按加工贸易的有关规定执行。
第十九条 《农产品进口关税配额证》实行一证多批制，即最终用户需分多批进口的，凭《农产品进口关税配额证》可多次办理通关手续。最终用户须如实填写《农产品进口关税配额证》“最终用户进口填写栏”，填满后，需持该证到原发证机构换领未办理通关部分的配额证。
散装货物每批次进口溢装量不得超过该批次的5%。
第二十条 自境外进入保税仓库、保税区、出口加工区的关税配额农产品由海关按现行规定验放并实施监管。
从保税仓库、保税区、出口加工区出库或出区进口的关税配额农产品，海关凭《农产品进口关税配额证》按进口货物管理的有关规定办理进口手续。
第二十一条 最终用户完成《农产品进口关税配额证》标明配额量的最后一批次进口报关后，于20个工作日内将海关签章的《农产品进口关税配额证》第一联（收货人办理海关手续联）原件交原发证机构。
最终用户将本年度未使用完的《农产品进口关税配额证》第一联（收货人办理海关手续联）原件于下一年1月底前交原发证机构。
第六章 调 整
第二十二条 分配给最终用户的国营贸易农产品进口关税配额量，在当年8月15日前未签订合同的，按本办法第七条规定的管理权限报商务部或发展改革委批准后，允许最终用户委托有贸易权的任何企业进口；有贸易权的最终用户可以自行进口。
第二十三条 持有农产品进口关税配额的最终用户当年无法将已申领到的全部配额量签订进口合同或已签订合同无法完成，须在9月15日前将无法完成的配额量交还原发证机构。
第二十四条 农产品进口关税配额再分配量的申请期为每年9月1日至15日（凭合同先来先领分配方式除外）。商务部、发展改革委分别于申请期前1个月在《国际商报》、《中国经济导报》以及商务部网站（http://.mof.gov.cn/）、发展改革委网站（