九、科学技术部是创新基金的主管部门，负责审议和发布创新基金年度支持重点和工作指南，审议创新基金运作中的重大事项，批准创新基金的年度工作计划，并会同财政部审批创新基金支持项目，向国务院提交年度执行情况报告等。
十、财政部是创新基金的监管部门，参与审议创新基金年度支持重点和工作指南，并根据创新基金年度工作计划，每年分两批将创新基金经科学技术部拨人创新基金管理中心专用帐户，同时对基金运作和使用情况进行监督、检查。
十一、由具有一定权威的技术、经济、管理专家和企业家组成创新基金专家咨询委员会，负责研究创新基金年度优先支持领域和重点项目，指导创新基金年度支持重点和工作指南的制定，为创新基金管理中心提供技术咨询。
十二、组建中小企业创新基金管理中心（以下简称“管理中心”），为非营利性事业法人，在科学技术部和财政部指导下，负责创新基金的管理工作，履行下列职能：
（一）研究提出创新基金年度支持重点和工作指南，统一受理创新基金项目申请并进行程序性审查；
（二）研究提出有关创新基金项目的评估、评审、招标标准，提出参与创新基金管理的评估机构及其他中介机构的资格条件；
（三）委托或者组织有关单位或者机构进行创新基金项目的评估、评审、招标等工作；
（四）负责编制创新基金的年度财务决算和工作计划，提出创新基金年度支持的项目建议，具体负责创新基金的运作；
（五）全面负责创新基金项目实施过程的综合管理，负责创新基金项目的统计、监理和定期报告工作。
十三、科学技术部每年发布创新基金支持重点和工作指南。凡符合创新基金支持条件的项目，由企业按申请要求提供相应申请材料；申请材料须经项目推荐单位出具推荐意见，其中申请贴息的企业还需提供有关银行的承贷意见。
十四、项目推荐单位要对申请企业的申请资格、申请材料的准确性、真实性等进行认真审查；对符合申请条件和要求的项目，出具推荐意见。
十五、积极引入竞争机制，推行创新基金项目评估、招标制度。凡符合招标条件的，必须通过公开竞争方式择优确定项目承担单位。
十六、管理中心按照有关标准要求，统一受理项目申请并负责程序性审查，送有关评估机构或专家进行评估、评审或咨询；符合招标条件的，须进行标书制定和评标选优。
十七、评估机构和评审专家对申报项目的市场前景、技术创新性、技术可行性、风险性、效益性、申报企业的经营管理水平等进行客观评估、评审，并出具明确的评估、评审意见。